Hỏi: Thủ tục và nghĩa vụ thuế khi giải thể công ty

Lưu Thế Quỳnh - 07:05 24/10/2025

Chi tiết câu hỏi

Tôi thành lập công ty từ tháng 1/2024, đến tháng 3/2024, công ty bị đóng mã số thuế với lý do "Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký". Tháng 7/2025, tôi làm thủ tục giải thể công ty và gửi công văn đề nghị chấm dứt hiệu lực lên cơ quan thuế. Ngày 29/8/2025, sau khi nhận được thông báo nghĩa vụ thuế còn phải hoàn thành, công ty tôi đã thực hiện đầy đủ các yêu cầu: nộp đầy đủ các tờ khai thuế còn thiếu; nộp tiền phạt theo quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế; nộp tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp quá hạn 91 ngày trở lên (không phát sinh thuế phải nộp); nộp tờ khai thuế giá trị gia tăng quá hạn 91 ngày trở lên (không phát sinh thuế, có tình tiết tăng nặng: vi phạm nhiều lần). Tuy nhiên, đến nay, cơ quan thuế vẫn chưa hoàn tất thủ tục để công ty tôi có thể nộp hồ sơ giải thể lên cơ quan đăng ký kinh doanh. Tôi đã gửi văn bản lên cơ quan thuế, và nhận được phản hồi qua điện thoại: công ty phải nộp thêm lệ phí môn bài và các khoản chậm nộp liên quan. Ngoài ra, phải chờ xác nhận từ hải quan về việc không còn nợ nghĩa vụ xuất nhập khẩu. Việc xác nhận này hiện không có quy trình cụ thể và thường mất vài tháng. Tôi xin hỏi, việc yêu cầu công ty tôi nộp thêm lệ phí môn bài có đúng không? Tại sao trong các quyết định và thông báo trước đó không đề cập đến khoản này? Năm 2024, công ty mới thành lập, theo quy định được miễn lệ phí môn bài. Năm 2025, công ty bị đóng mã số thuế và không kinh doanh, vậy tại sao vẫn phải nộp lệ phí môn bài? Công ty không đăng ký hoạt động xuất nhập khẩu và không có phát sinh thực tế liên quan, vậy việc cơ quan thuế yêu cầu xác nhận từ phía hải quan có đúng không? Thời gian xác nhận kéo dài bao lâu? Luật quy định thời hạn giải thể doanh nghiệp là 45 ngày, vậy nếu cơ quan hải quan xác nhận chậm hoặc không xác nhận, công ty tôi cần xử lý như thế nào?

Trả lời

Thuế cơ sở 10 TP. Hồ Chí Minh trả lời vấn đề này như sau:

Công ty của ông Quỳnh nộp công văn đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế ngày 22/7/2025. Ngày 30/7/2025, cơ quan thuế đã ban hành thông báo về các nghĩa vụ thuế phải hoàn thành, đồng thời gửi thông báo đến địa chỉ công ty và nơi cư trú của người đại diện pháp luật là ông Lưu Thế Quỳnh, đồng thời ông cũng đã nhận trực tiếp thông báo trên.

Ngày 29/8/2025, Thuế cơ sở 10 đã có công văn gửi Cục Hải quan TPHCM để xác nhận tình trạng nghĩa vụ xuất nhập khẩu, hiện vẫn đang chờ kết quả phản hồi.

Trước đó, ngày 3/10/2025, cơ quan thuế đã gửi giấy mời làm việc để làm rõ vướng mắc trước khi hoàn tất thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế gửi đến địa chỉ công ty và địa chỉ nơi đăng ký thường trú của đại diện pháp luật nhưng doanh nghiệp không đến làm việc.

Theo khoản 1 Điều 1 Nghị định số 22/2020/NĐ-CP ngày 24/2/2020 sửa đổi, bổ sung khoản 8, 9 và khoản 10 Điều 3 Nghị định số 139/2016/NĐ-CP:

"Miễn lệ phí môn bài trong năm đầu thành lập hoặc ra hoạt động sản xuất, kinh doanh (từ ngày 01 tháng 01 đến ngày 31 tháng 12) đối với:

a) Tổ chức thành lập mới (được cấp mã số thuế mới, mã số doanh nghiệp mới).

b) Hộ gia đình, cá nhân, nhóm cá nhân lần đầu ra hoạt động sản xuất, kinh doanh".

Sang năm thứ hai kể từ năm thành lập công ty phải nộp lệ phí môn bài theo quy định.

Theo điểm c khoản 5 Điều 17 Thông tư số 86/2024/TT-BTC ngày 23/12/2024:

"... Cơ quan thuế tiếp nhận đủ hồ sơ, lập danh sách các hồ sơ khai thuế còn thiếu, tình hình sử dụng hoá đơn, số tiền thuế và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước phải nộp hoặc còn nợ và thực hiện xử phạt đối với các hành vi vi phạm pháp luật về thuế, hoá đơn tính đến thời điểm người nộp thuế nộp hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo quy định, không bắt buộc cơ quan thuế xác minh tình trạng hoạt động của người nộp thuế tại địa chỉ đã đăng ký trong trường hợp này".

Các nghĩa vụ khai và nộp thuế phải thực hiện đầy đủ, căn cứ: khoản 4 Điều 1 Nghị định số 22/2020/NĐ-CP (về thời hạn nộp lệ phí môn bài); Điều 44 Luật Quản lý thuế 2019 (về thời hạn nộp hồ sơ khai thuế).

Theo Điều 16 Thông tư số 86/2024/TT-BTC, khi cơ quan thuế quản lý trực tiếp thực hiện xử lý hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế, cơ quan thuế đề nghị cơ quan hải quan thực hiện xác nhận việc người nộp thuế đã hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước đối với hoạt động xuất nhập khẩu theo quy định tại Thông tư của Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan.

Thuế cơ sở 10 TPHCM trả lời ông biết và thực hiện theo quy định. Nếu còn nội dung nào chưa rõ, đề nghị ông liên hệ Thuế cơ sở 10 TPHCM để được hướng dẫn thêm.