Hỏi: Từ 2016, đóng BHXH theo mức lương nào?

Tôi làm việc tại Công ty TNHH 100% vốn nước ngoài. Hiện nay, công ty của tôi chi trả tiền lương cho người lao động dựa trên mức lương được ghi trong hợp đồng lao động (mức lương cơ bản). Ngày nghỉ phép, nghỉ cưới, nghỉ lễ tết được tính bằng lương cơ bản/26 ngày x số ngày nghỉ; Tiền lương làm thêm giờ bằng lương cơ bản /(26x8 x số giờ làm thêm x tỷ lệ làm thêm giờ tương ứng; Tinh trừ lương ngày nghỉ ốm, nghỉ không hưởng lương bằng lương cơ bản/26 x số ngày nghỉ. Tuy nhiên, tôi có tìm hiểu Điều 90 Bộ luật Lao động 2012 lại thấy có ghi: "Tiền lương bao gồm mức lương theo công việc hoặc chức danh, phụ cấp lương và các khoản bổ sung khác". Trong hợp đồng lao động của tôi ký với công ty cũng ghi là "Mức lương theo công việc hoặc chức danh: 5.000.000 đồng/tháng. Phụ cấp lương và các khoản bổ sung khác: Theo Qu‎y chế trả lương trong doanh nghiệp, Thang bảng lương và Thỏa ước lao động tập thể". Các khoản phụ cấp lương công ty của tôi gồm: Trợ cấp nhà ở, trợ cấp đi lại, trợ cấp chức vụ, trợ cấp làm ca (có ghi trong quy chế trả lương). Tuy nhiên các khoản phụ cấp lương này không được tính vào để đóng BHXH, để tính lương cho các ngày nghỉ có hưởng lương như trên mà chỉ tính trên mức lương cơ bản là 5.000.000 đồng. Tôi xin hỏi, công ty của tôi thực hiện như vậy có đúng quy định không? Ngày 1/4/2015, Công ty ký Quyết định bổ nhiệm tôi vào vị trí Phó Trưởng dây chuyền, mức trợ cấp chức vụ là 150.000 đồng/tháng. Tuy nhiên trên quyết định lại ghi là: "Mức trợ cấp này không tính vào mức lương chính để đóng BHXH, BHYT, BHTN và tính lương ngoài giờ". Tôi xin hỏi, Công ty của tôi ban hành quyết định như vậy có đúng không?