Hỏi: Điều kiện áp thuế suất 0% cho hàng hóa xuất khẩu

Công ty tôi đang giao dịch xuất bán hàng hóa cho khách hàng (tổ chức) nước ngoài có hiện diện tại Việt Nam và được khách hàng nước ngoài chỉ định giao hàng hóa đến bên gia công là doanh nghiệp khác tại Việt Nam. Tháng 7/2024, công ty tôi đề nghị hoàn thuế GTGT nhưng chỉ nhận được gần một nửa số tiền hoàn, số còn lại không được hoàn do vướng thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ. Theo hướng dẫn của cơ quan hải quan, từ ngày 20/7/2023 trở đi, trường hợp này công ty không được thực hiện thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ như trước đây nữa nhưng phải thực hiện thủ tục hải quan thông qua kho ngoại quan. Công ty đã tuân thủ quy định bằng việc thông báo với khách hàng nước ngoài để thuê kho ngoại quan và làm thủ tục hải quan thông qua kho ngoại quan. Tuy nhiên, đến ngày 17/2/2025, Bộ Tài chính ban hành công văn gửi UBND tỉnh về chính sách thuế GTGT, trong đó có nội dung: "Trường hợp doanh nghiệp nội địa bán hàng hóa cho thương nhân nước ngoài có hiện diện tại Việt Nam và được chỉ định giao hàng cho bên thứ ba là doanh nghiệp Việt Nam thông qua kho ngoại quan không đáp ứng được điều kiện hàng hóa xuất khẩu bán cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và tiêu dùng ở ngoài Việt Nam, hàng hóa bán cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan và tiêu dùng trong khu phi thuế quan không thuộc trường hợp hàng hóa xuất khẩu áp dụng thuế suất 0% theo quy định tại khoản 1 Điều 9 Thông tư số 219/2013/TT-BTC nêu trên". Theo tôi hiểu, cơ quan hải quan đã hướng dẫn công ty làm thủ tục xuất khẩu qua kho ngoại quan nhưng bây giờ cơ quan thuế không chấp nhận giao dịch đó là doanh thu xuất khẩu mà phải xử lý như doanh nghiệp nội địa, phải chịu thuế GTGT 8%. Việc này gây khó khăn cho công ty. Nếu xử lý theo công văn nêu trên, công ty tôi tiếp tục không được hoàn một số tiền thuế lớn. Công ty muốn xuất hóa đơn GTGT cho tặng cho khách hàng ở nước ngoài bằng USD với thuế suất 8% theo doanh thu nội địa nhưng e ngại không đúng theo quy định thu ngoại tệ của Ngân hàng Nhà nước. Hiện công ty không biết giải quyết thế nào để có thể bán hàng được cho khách vì mở tờ khai xuất khẩu thì cũng không được mà xuất hóa đơn GTGT bằng USD có thuế 8% cũng không được. Tôi đề nghị cơ quan có thẩm quyền xem xét, hướng dẫn.