Hỏi: Hợp đồng theo tỷ lệ, có được thanh toán chi phí bổ sung?

Tôi công tác tại Ban quản lý dự án xây dựng cơ bản ngành Nông nghiệp Hòa Bình, tháng 12/2010 cơ quan tôi và Công ty tư vấn giám sát đã ký hợp đồng theo tỷ lệ (%) để thực hiện công tác tư vấn giám sát công trình (tỷ lệ trúng thầu 1,694% ứng với giá trị xây lắp theo hồ sơ yêu cầu tư vấn giám sát) và giá trị hợp đồng là trên 820 triệu đồng. Tháng 8/2011, công trình hoàn thành việc thi công. Điều khoản thanh toán và điều chỉnh giá trong hợp đồng tư vấn giám sát đã ký kết có nội dung "Sau khi công trình bàn giao đưa vào sử dụng, bên B đã nộp đầy đủ số lượng hồ sơ theo quy định, trên cơ sở kế hoạch vốn được phân bổ bên giao thầu thanh toán cho bên nhận thầu như sau: Lấy tỷ lệ (%) trong giá trúng thầu nhân với giá trị xây lắp được nghiệm thu. Trường hợp kinh phí thanh toán lớn hơn giá trị hợp đồng thì hai bên lập phụ lục hợp đồng bổ sung, điều chỉnh giá trị theo giá trị hợp đồng được điều chỉnh theo điều khoản điều chỉnh của hợp đồng".

Trong thời gian thực hiện, giá trị hợp đồng thi công xây lắp được bổ sung do thay đổi chế độ chính sách tiền lương tối thiểu đối với các khối lượng thi công từ ngày 1/1/2011 và bổ sung giá vật liệu theo các tháng thi công (hợp đồng thi công xây lắp là hợp đồng theo đơn giá điều chỉnh). Căn cứ vào điều khoản điều chỉnh hợp đồng, giá trị hợp đồng theo tỷ lệ sau khi điều chỉnh, bổ sung là trên 910 triệu đồng và đã được chủ đầu tư phê duyệt.
Tôi muốn hỏi, Ban Quản lý dự án ký hợp đồng theo tỷ lệ với điều khoản điều chỉnh như trên có đúng với các quy định hiện hành về hợp đồng không và việc bổ sung, thanh toán chi phí tư vấn giám sát như trên có đúng không?