Hỏi: Sử dụng đất sai mục đích có được cấp đổi Giấy chứng nhận?

Mẹ tôi có 1 thửa trồng cây hằng năm và 2 thửa đất trồng lúa, đã được cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất theo bản đồ giải thửa (bìa màu đỏ từ năm 1994). Năm 2010, do nhu cầu sử dụng, mẹ tôi đã tự ý xây nhà lên thửa đất trồng cây hằng năm và đổ đất chuyển sang trồng cây ăn quả trên 2 thửa đất trồng lúa. Đến nay, khi đo đạc bản đồ địa chính, các thửa đất của mẹ tôi đều tăng diện tích (mẹ tôi không mua bán hay lấn chiếm đất của ai, diện tích tăng lên do đo đạc lại). Đối chiếu quy hoạch sử dụng đất thì đất làm nhà ở phù hợp quy hoạch là đất ở, 1 thửa đất trồng lúa phù hợp quy hoạch là đất trồng cây lâu năm, 1 thửa đất trồng lúa không phù hợp quy hoạch. Xin hỏi, nay mẹ tôi muốn cấp đổi Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất để làm thủ tục chuyển quyền sử dụng đất có được không? Và có được cấp đất ở, đất trồng cây lâu năm không? Diện tích tăng lên mẹ tôi có được cấp không? Mẹ tôi đã đến UBND phường để làm thủ tục nhưng được trả lời, mẹ tôi phải bị xử phạt và buộc khôi phục lại tình trạng ban đầu của thửa đất thì mới cấp đổi, cấp mới được Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, như vậy có đúng không? Căn cứ quy định nào? Mẹ tôi cần làm gì, đến đâu để thực hiện? Cả gia đình tôi đang sống trên mảnh đất này và canh tác từ các thửa đất trồng cây lâu năm, nếu phải khôi phục lại là đất trồng lúa thì rất khó khăn.