Hỏi: Thanh toán hợp đồng trọn gói có cần hóa đơn đầu vào của nhà thầu?

Đơn vị tôi đã tổ chức triển khai thực hiện một số gói thầu (tập huấn, bồi dưỡng cho cán bộ quản lý, giáo viên) theo hướng dẫn của Bộ bằng nguồn kinh phí sự nghiệp của Chương trình mục tiêu quốc gia trong năm 2024. Các gói thầu được xây dựng trên cơ sở dự toán đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt, thực hiện đấu thầu rộng rãi qua mạng, thực hiện hợp đồng trọn gói với nhà thầu trúng thầu. Quá trình triển khai thực hiện hợp đồng, về nội dung thanh toán, quyết toán gói thầu có một số nội dung còn có cách hiểu khác nhau, cụ thể như sau: Căn cứ hợp đồng thực hiện gói thầu (hợp đồng trọn gói) giữa đơn vị tôi với nhà thầu (bên B, là cơ sở giáo dục đại học), biên bản nghiệm thu khối lượng công việc hoàn thành, bảng xác định giá trị khối lượng công việc hoàn thành (theo quy định của Bộ Tài chính), hóa đơn giá trị gia tăng của nhà thầu (phù hợp với hợp đồng và khối lượng công việc hoàn thành đã được nghiệm thu), đơn vị tôi đã thanh toán toàn bộ giá trị gói thầu cho nhà thầu căn cứ theo điểm c khoản 1 Điều 64 Luật Đấu thầu năm 2023; khoản 2 Điều 111 Nghị định số 24/2024/NĐ-CP; khoản 3 Điều 3 Thông tư số 55/2023/TT-BTC. Tuy nhiên, có ý kiến cho rằng đơn vị tôi thanh toán cho nhà thầu (như trên) là chưa đúng quy định của pháp luật vì hóa đơn giá trị gia tăng của nhà thầu chưa bảo đảm thanh toán theo quy định, nhà thầu cần phải cung cấp đủ các hóa đơn, chứng từ chứng minh đủ giá trị khối lượng công việc theo dự toán. Tôi xin hỏi, việc đơn vị tôi căn cứ kết quả đấu thầu thực hiện ký hợp hợp đồng trọn gói với nhà thầu trúng thầu và thực hiện thanh toán toàn bộ giá trị gói thầu cho nhà thầu (bên B) căn cứ theo hợp đồng, hóa đơn giá trị gia tăng của bên B phù hợp với khối lượng công việc hoàn thành đã được nghiệm thu (biên bản nghiệm thu khối lượng hoàn thành, biểu xác nhận số khối lượng hoàn thành theo quy định của Bộ Tài chính) có đúng quy định của pháp luật không? Đơn vị tôi thanh toán cho nhà thầu (bên B, là cơ sở giáo dục đại học được giao quyền tự chủ về tài chính theo quy định hiện hành của Nhà nước) có cần căn cứ theo hóa đơn đầu vào của bên B không? Nếu các hóa đơn đầu vào của bên B có giá trị thấp hơn hóa đơn cung cấp cho đơn vị tôi để thanh toán gói thầu thì có vi phạm quy định của pháp luật không?